“ราชินี ซอนต๊อก” กล่าวถึงเรื่องราวขององค์หญิงต๊อกมานที่ถูกทอดทิ้ง ระหกระเหินออกจากวังหลวงด้วยเหตุอันมาจากคำพยากรณ์ที่เป็นอัปมงคล ต้องทนทุกข์ทรมานแสนสาหัส เผชิญกับการฝ่าฟันแย่งชิงอำนาจในวังหลวงจนกลายเป็นปฐมราชินีแห่งแคว้นซิลลา ---- ราชินีซอนต๊อก

มีซิลครองอำนาจล้นฟ้าในวังหลวง พระเจ้าจินพยองและมเหสีมายาให้กำเนิด พระธิดาฝาแฝด สำหรับพระเจ้าจินพยองแล้ว การให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝดกลับเป็นสิ่งอัปมงคล ด้วยยึดติดกับคำพยากรณ์ที่ว่า “ให้กำเนิดลูกสาวฝาแฝด สิ้นชายครองบัลลังก์” พระเจ้าจินพยองทรงไม่มีทางเลือกจึงจำต้องส่งคนพาต๊อกมานพระธิดา ฝาแฝดคนรองไปจากวังหลวง แต่มีซิลกลับส่งคนไปลอบสังหาร ขณะที่ต๊อกมานกำลังอยู่บนความเป็นความตายนั่นเองได้รับความช่วยเหลือจากมุน โนแห่งสำนักองครักษ์ มุนโนมอบต๊อกมานให้อยู่ในอุปการะของโซวาซึ่ง เป็นนางกำนัลของพระเจ้าจินพยอง โซวาพาต๊อกมานเดินทางไปยังทะเลทรายในแผ่นดินจีนโดยเปิดโรงเตี๊ยมเล็ก ๆ แห่งหนึ่งเพื่อยังชีพ มีซิลศัตรูที่ร้ายกาจขององค์หญิงต๊อกมานนั้นใช้ความงามจนเป็นที่โปรดปราน ของ พระเจ้าจินฮึงและมีอำนาจล้นฟ้าในวังหลวง นางซึ่งมักใหญ่ใฝ่สูง หลังจากที่พระเจ้าจินฮึงสวรรคตแล้ว นางก็ให้การสนับสนุน พระเจ้า จินพยองซึ่งยังพระเยาว์ขึ้นครองราชย์ หลังจากที่พระมเหสีของ พระเจ้าจินพยองให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝดแล้ว มีซิลก็ใช้ชีวิตของพระธิดาฝาแฝดข่มขู่พระเจ้าจินพยอง เพื่อที่นางจะได้ครองอำนาจล้นฟ้าตลอดไป โชคดีที่มุนโนและโซวาช่วยชีวิตต๊อกมานเอาไว้ ทำลายแผนการของมีซิลจนพังพินาศลง กระนั้นมีซิลก็ยังคงไม่ละทิ้งที่จะแสวงหาอำนาจมาครอบครอง ด้วยการวางแผนร้ายเพื่อให้สามีของนางได้ขึ้นครองบัลลังก์ เมื่อเป็นเช่นนี้จึงเห็นองค์หญิงชอน-มยองพี่สาวขององค์หญิงต๊อกมาน เป็นเสี้ยนหนาม ในช่วงที่มีซิลมีอำนาจล้นฟ้า องค์หญิงชอน-มยองซึ่งมีไหวพริบสติปัญญาเฉลียวฉลาดเหนือคนธรรมดาก็ตัดสินใจ เก็บซ่อนอารมณ์ความรู้สึกเอาไว้เพื่อไม่ให้มีซิลรู้ แต่ในทุกครั้งที่ประสบวิกฤต ความสามารถและภาวะผู้นำขององค์หญิงชอน-มยองก็ปรากฏออกมาจนสามารถฝ่าฟันวิกฤต ไปได้ ทั้งที่องค์หญิงชอน-มยองและคิมยองซูแต่งงานกันจนมีลูกชายด้วย กันหนึ่งคนชื่อว่าคิมชุนชูก็ตาม แต่ดวงใจขององค์หญิงชอน-มยองกลับปฏิพัทธ์ต่อคิมยูซินซึ่งเคยช่วย ชีวิตนางมาก่อน คิมยูซินแม่ทัพแคว้นซิลลามีวรยุทธลึกล้ำ หลังจากที่ช่วยชีวิตองค์หญิงชอน-มยองให้รอดพ้นจากการปองร้ายของมีซิลแล้ว ก็ได้รู้จักกับต๊อกมาน ในช่วงเวลาที่คิมยูซินให้ ความช่วยเหลือองค์หญิงต๊อกมาน สานความฝันที่จะรวบรวมสามแคว้นเป็นหนึ่งเดียวกันให้กลายเป็นจริงขึ้นมา นั่นเอง คิมยูซินก็ตกหลุมรักองค์หญิงต๊อกมาน กลายเป็นคนที่อยู่เคียงข้างสนับสนุนองค์หญิงต๊อกมานด้วยความภักดี จากความช่วยเหลือของคิมยูซิน ในที่สุดองค์หญิงต๊อกมานก็สามารถโค่นอำนาจของมีซิลลงได้กลายเป็นปฐมราชินี แห่งแคว้นซิลลา